O UNIDEP possui diferentes laboratórios de saúde, com destaque para o Laboratório de Anatomia Humana e o Centro de Simulação Realística, um dos mais completos do Paraná – com simuladores de alta fidelidade, como é o caso do Apollo, um simulador de paciente real, adulto e interativo, com respiração espontânea e respostas fisiológicas automáticas.
Há, ainda, uma simuladora de parto e um simulador pediátrico. Além de dispor aos alunos e professores diferentes materiais orgânicos e tecnológicos, a infraestrutura laboratorial da IES conta ainda com Plataforma Multidisciplinar 3D, composta por vários programas de anatomia, permitindo reconstruções 3D. Somam-se, ainda, os recursos do PowerLab e variadas peças anatômicas sintéticas, favorecendo um espaço de inovação e aprendizagem.
Por meio de atividades práticas relacionadas à teoria, os espaços favorecem o aprendizado, apoiado pelos docentes e técnicos da instituição. Os laboratórios atendem também as atividades de iniciação científica, trabalhos de extensão, monitorias e ligas acadêmicas que atuam em diferentes cursos da área de saúde.